Tous ces orgues ont été systématiquement détruits par les premiers "pères" de l'église, qui considéraient l'orgue comme un instrument païen, donc à supprimer impérativement. Tout comme les temples, les théatres et les stades. C'est ainsi que l'orgue disparut quasiment dans tout l'occident chrétien jusqu'au Xème siècle environ. Puis au XIVème, les Anglais en construisirent un à Westminster et les Allemands à Halbertstadt. Dès lors, les évêques français n'eurent de cesse d'avoir leur orgue dans leurs cathédrales. Le premier en France fut celui de la cathédrale de Reims au XVème siècle.

Longtemps après la chute de l'empire Romain, l'orgue souffrit à nouveau au cours de la révolution française, puisque de très nombreux orgues furent détruits, car considérés comme produits de l'ancien régime. De plus leur étain, zinc et plomb étaient convoîtés  pour fabriquer des balles de fusil durant la révolution et les guerres napoléoniennes.
Enfin, à l'heure actuelle, en France, l'orgue n'étant visible au grand public que dans les églises, beaucoup de français jettent un discrédit sur cet instrument, pensant à tort que c'est une invention de l'église catholique, ignorant que l'orgue a été jadis interdit par cette même église durant quatorze siècles, et que son invention remonte à plus de 5000 ans avant Jésus-Christ.

A droite : photo de l'orgue antique sur l'un des sarcophages de la crypte de la Basilique de St Maximin. On y voit nettement le bas-relief d'un orgue antique.

Bien entendu, aucune mention ne précise l'existence de ces orgues. Leur destruction par l'église s'étala durant les 3 premiers siècles, au fur et à mesure de l'entension du christianisme en occident.